KAMUS MIKROBIOLOGI

Sitosol (komponen sitoplasma, juga termasuk organel) adalah cairan dalam sel, dan sebagian metabolisme sel terjadi di sini .Protein dalam sitosol berperan penting dalam jalur transduksi sinyal dan glikolisis.Sebagian besar sitosol terdiri atas air, ion terlarut, molekul kecil, dan sejumlah besar molekul larut air (seperti protein). Mengandung sekitar 20-30% protein.pH sitosol manusia yang normal (sekitar) 7 (netral), sedangkan pH cairan ekstrasel 7,4.


Sitoplasma merupakan bagian sel berupa koloid yang melarutkan berbagai macam hara (nutrien) dan tempat berlangsungnya banyak reaksi kimia untuk membentuk energi dan menyimpan energi.Sitoplasma adalah zat separuh cairan lekat dan kental dan berada di dalam membran plasma. Sitoplasma adalah bagian non-nukleus dari protoplasma. Komponen cair sitoplasma adalah sitosol, yang termasuk ion dan makromolekul yang dapat larut, contohnya enzim. Isi tidak larut sitoplasma termasuk organel dan sitoskeleton. Walaupun semua sel memiliki sitoplasma, setiap jaringan maupun spesies memiliki ciri-ciri yang jauh berbeda antara satu dengan yang lain.
Plasmid : DNA sirkuler selain kromosom yang terdapat pada bakteri dinamakan plasmid. Jadi, plasmid merupakan DNA bakteri yang terpisah dari Kromosom bakteri. Plasmid dapat bereplikasi sendiri. Plasmid juga mengandung berbagai gen. jenis, jumlah jenis, dan jumlah tiap jenis plasmid bervariasi antar sel. Bahkan antar sel dalam satu spesies bakteri.
METANOGEN: Methanogen adalah mikroba yang dikenal dengan nama archaea dan hampir serupa dengan bakteri. Mikroba-mikroba tersebut bertanggung jawab terhadap produksi methane alami yang ada di bumi, ' 'Mikroba-mikroba tersebut menggunakan karbon dioksida untuk membuat methane, komponen terbesar dari gas alam yang mudah terbakar. Artinya, methanogen bisa digunakan untuk membuat pengganti gas alam terbarukan yang bersifat karbon netral
Mikroskop Konvokal :Dalam menghasilkan gambar yang tajam dua atau tiga dimensi dengan menggunakan cahaya, mikroskop konvokal tak tertandingi. Selain itu, mikroskop konvokal ini dapat juga digunakn untuk melihat apa yang terdapat di dalam jaringan hidup specimen
Mikroskop Fluoresens : Mikroskop fluoresens mengambil keuntungan dari sifatfluoresens, suatu kemampuan untuk menyerap gelombang cahaya yang pendek (UV) dan memancarkan gelombang cahaya panjana (terlihat). Beberapa organism secara natural berfluoresens di bawah sinar UV. Jika specimen tidak memperlihatkan sifat tersebut saat di sinari dengan ultraviolet, maka specimen diberi warna menggunakn dluorochrome. Prinsip mikroskop fluoresens adalah teknik diagnose yang disebut fluorescent-antibody (FA) techniqueatau immunofluoresence
Flagel : Bulu cambuk, berperan sebagai alat gerak bakteri
Pili : Bulu getar, berfungsi sebagai alat untuk melekat pada berbaagai permukaan
Kapsul : atau lapisan lendir. Lapisan ini menyelubungi dinding sel seluruhnya, dan merupakan suatu hasil pertukaran zat. Lendir ini memberikan perlindungan terhadap kekeringan
10 – 100s of genes : s adalah satuan Svedberg
Thermoacidophile : hidup ditempat yang suhunya tinggi (70 O C atau lebih) dan di tempat yang pHnya rendah (di tempat yang asam) atau konsentrasi belerang yang tinggi.
Halophile : didapatkan di tempat-tempat yang kadar garamnya tinggi (kadar garam 20%, seperti danau Great, laut mati) dan bersifat anaerobik.
Zat pewarna untuk bakteri : Larutan kristal violet, lugol, dan safranin
Heterotrof : tidak dapat membuat makanan sendiri, kebanyakan hidupnya tergantung pada makhluk hidup yang mati (saprofit) dan pada makhluk hidup yang lain (parasit).
Mushrooms : jamur yang dapat menghasilkan badan buah besar, termasuk jamur yang dapat dimakan
Toadstools : jamur payung
Boletes : organism jamur dari golongan boletales
Yeasts : khamir
Molds : jamur yang berbentuk seperti benang-benang
Mildews : Jenis jamur yang berperan dalam pelapukan
Puffballs : Jamur basidiomycota yang tidak beracun
Stinkhorns : Jaumur daerah tropis yang berbau busuk
THINK LIKE A FUNGUS
• How do I get food?
Untuk memperoleh makanan, jamur menyerap zat organik dari lingkungan melalui hifa dan miseliumnya, kemudian menyimpannya dalam bentuk glikogen. Oleh karena jamur merupakan konsumen maka jamur bergantung pada substrat yang menyediakan karbohidrat, protein, vitamin, dan senyawa kimia lainnya. Semua zat itu diperoleh dari lingkungannya
• How can I compete?
Secara aseksual, jamur menghasilkan spora. Spora jamur berbeda-beda bentuk dan ukurannya dan biasanya uniseluler, tetapi adapula yang multiseluler. Reproduksi secara seksual pada jamur melalui kontak gametangium dan konjugasi. Kontak gametangium mengakibatkan terjadinya singami, yaitu persatuan sel dari dua individu.
• How can I protect myself?
Ada golongan jamur atau nbeberapa jenis jamur yang melindungi dirinya dirinya dengan mengeluarkan racun tertentu yang dinamakan mikotoksin.
• What associations with other organisms are important?
Cara hidup jamur lainnya adalah melakukan simbiosis mutualisme. Jamur yang hidup bersimbiosis, selain menyerap makanan dari organisme lain juga menghasilkan zat tertentu yang bermanfaat bagi simbionnya. Simbiosis mutualisme jamur dengan tanaman dapat dilihat pada mikoriza, yaitu jamur yang hidup di akar tanaman kacang-kacangan atau pada liken.
Jamur berhabitat pada bermacammacam lingkungan dan berasosiasi dengan banyak organisme. Meskipun kebanyakan hidup di darat, beberapa jamur ada yang hidup di air dan berasosiasi dengan organisme air.
Sejarah Filogeni:
Sistem Klasifikasi Kingdom
1. Sistem Dua kingdom
Kingdom Animalia (Dunia Hewan)
Kingdom Plantae (Dunia Tumbuhan)
Dikembangkan C. Linnaeus, 1735.
*Kelebihan: mampu menggolongkan dua kelompok besar mahkluk hidup di bumi berdasarkan karakter fisiknya yaitu tumbuhan dan hewan dan kedua kingdom ini merupakan kunci atau pengarah untuk model-model kingdom lainnya.
*Kelemahan: penggolongan ini masih terlalu umum dan kurang spesifik sehingga terdapat makhluk hidup lainnya yang tidak dapat digolongkan dalam kedua kingdom ini.
1. Sistem Tiga Kingdom
Kingdom Animalia (Dunia Hewan)
Kingdom Plantae (Dunia Tumbuhan)
Kingdom Protista (Organisme bersel satu dan organisme multiseluler sederhana)
Dikembangkan oleh Ernst Haeckel, 1866.
*Kelebihan : organisme mikroskopis bersel satu atau multiseluler sederhana dikelompokan kedalam kingdom tersendiri dan berbeda dari animalia atau plantae, penyebabnya karena secara fisiologis, morfologisnya, dan anatomi, kingdom protista memiliki perbedaan dari kedua kingdom lainnya.
*Kelemahan : bakteri tidak dapat digolongkan ke dalam kingdom protista, karena bakteri adalah organisme mikroskopis yang tidak memiliki inti sel. Sehingga pengelompokan kingdom ini kurang sempurna.
1. Sistem Empat Kingdom
Kingdom Animalia (Dunia Hewan)
Kingdom Plantae (Dunia Tumbuhan)
Kingdom Protista
Kingdom Monera
Dikembangkan oleh Herbert Copeland, 1956.
*Kelebihan : melengkapi kingdom sebelumnya, yaitu dengan mengelompokan monera sebagai kingdom tersendiri, karena organisme mikroskopis ini tidak memiliki inti sel atau termasuk jenis prokariotik dan berbeda dengan protista, animalia, dan plantae. Dengan kata lain menyempurnakan sistem sebelumnya.
*Kelemahan : masih terdapat makhluk hidup lainnya yang tidak dapat digolongkan kedalam keempat kingdom ini seperti fungi (Mycota). Mycota memiliki perbedaan karakter yang cukup unik, ukurannya bervariasi ada yang menyerupai prostista namun bukan protista, cara makan dan pencernaan berbeda dengan tumbuhan maupun hewan. Selain itu kelemahan lainnya juga terdapat pada kingdom monera karena di dalam kingdom monera masih terdapat perbedaan yang cukup berarti dalam klasifikasi kingdom.
1. Sistem Lima Kingdom
Kingdom Animalia (Dunia Hewan)
Kingdom Plantae (Dunia Tumbuhan)
Kingdom Protista
Kingdom Monera
Kingdom Fungi (Dunia Jamur)
Dikembangkan oleh Robert H. Whittaker tahun 1969.
*Kelebihan : Jamur digolongkan kedalam kingdom tersendiri karena Jamur tidak mencernakan makanan seperti yang binatang lakukan, atau pun membuat makanan mereka sendiri seperti yang tumbuhan lakukan melainkan mereka mengeluarkan enzim pencernaan di sekitar makanan mereka dan kemudian menyerapnya ke dalam sel. Begitu juga perbedaannya dengan monera jelas terlihat bahwa kingdom fungi merupakan jenis organisme eukariot.bukan prokariot. Dengan kata lain kingdom ini melengkapi sistem klasifikasi kingdom sebelumnya .
*Kelemahannya : Belum mampu mendefinisikan kingdom monera secara tepat sehingga didalam kelompok kingdom monera sendiri masih memiliki perbedaan yang cukup signifikan baik dalam hal RNA polymerase, RNA sequences, Introns, membran lipid dan lainnya.
1. Sistem Enam Kingdom
Kingdom Animalia (Dunia Hewan)
Kingdom Plantae (Dunia Tumbuhan)
Kingdom Protista
Kingdom Mycota (Dunia Jamur)
Kingdom Eubacteria
Kingdom Archaebacteria
Dikembangkan oleh Carl Woese 1977.
*Kelebihan : mampu menjelaskan kingdom monera secara spesifik, sehingga memberikan informasi yang cukup signifikan bagi kingdom monera. Perbedaan yang cukup signifikan didalam kingdom monera ini melahirkan kingdom baru yaitu kingdom eubacteria dan kingdom archaebacteria. Pembagian ini berawal dari ditemukannya golongan monera archaebacteria di samudera dalam yang berbeda dengan monera lainnya (eubacteria). Analisis archaebacteria menunjukkan bahwa mereka lebih yang serupa ke eukariota dibanding para saudaranya yang prokariotik. Hal ini adalah salah satu alasan menagapa kingdom monera membela menjadi kingdom archaebacteria dan eubacteria.
*Kelemahan : pada dasarnya tidak ada, namun bagi beberapa pakar ilmuwan sering menjadi pro dan kontra, karena kingdom monera merupakan kingdom yang sudah mencakup bakteri archae dan eubacteria sehingga tidak perlu di bagi lagi.
Sistem Tujuh Kingdom
Kingdom Animalia (Dunia Hewan)
Kingdom Plantae (Dunia Tumbuhan)
Kingdom Protista (Protozoa)
Kingdom Chromista
Kingdom Eumycota
Kingdom Eubacteria
Kingdom Archaebacteria
Diperkenalkan oleh Cavalier-Smith tahun 1998. sistem ini dikembangkan dari sistem kingdom sebelumnya dan secara garis besar digolongkan dalam dua kelas utama prokariot dan eukariot (2 Empires, Chatton 1937) dari kedua golongan besar ini dibagi lagi, eukariot mencakup Animalia, Plantae, Protozoa (protista), Eumycota dan Chromista. Sedangkan golongan prokariot mencakup Eubacteria dan Archaebacteria.
*Kelebihan : sistem klasifikasi tujuh kingdom ini lebih adalah lebih detail. Lahir kingdom baru yaitu Chromista yang anggotanya merupakan bagian dari kingdom fungi dan protista yaitu Oomycota, Hyphochytriomycota, Bacillariophyta, Xanthophyta, Silicoflagellates, Chrysophyta, dan Phaeophyta. Golongan ini berbeda dari kingdom asalnya karena mereka meiliki klorofil a dan c, tidak menyimpan makanan sebagai kanji melainkan sebagai minyak dan umumnya menghasilkan sel dengan dua flagella yang berlainan. Karena sebagian kingdom mycota sudah digolongkan ke dalam kingdom chromista maka kingdom ini berubah menjadi kingdom eumycota. Kingdom protista lebih akrab dikenal sebagai kingdom protozoa. Klasifikasi system ini lebih sempurna dari kingdom sebelumnya.
*Kelemahan : relatif terhadap sudut pandang mana orang ingin mengelompokan organisme. Biasanya semakin besar tingkat pengklasifikasian maka makin besar pula tingkat kesulitan tetapi hasilnya lebih akurat.